Το κατώτερο πεπτικό ή πιο ορθά το κατώτερο γαστρεντερικό σύστημα αποτελείται από το τελευταίο τμήμα του δωδεκαδακτύλου και από ολόκληρο το λεπτό και παχύ έντερο. Ο πρωκτός ως η τελική απόληξη της γαστρεντερικής οδού τυπικά συγκαταλέγεται στο κατώτερο πεπτικό αλλά λόγω της ιδιαιτερότητας της περιοχής οι παθήσεις του ταξινομούνται ξεχωριστά. Οι περισσότερες παθήσεις που αφορούν την ειδικότητα της χειρουργικής είναι παθήσεις του παχέος εντέρου όπως:
- Πολύποδες παχέος εντέρου
- Καρκίνος παχέος εντέρου (κολοορθικός καρκίνος)
- Φλεγμονώδεις νόσοι (πχ νόσος Crohn ή ελκώδης κολίτιδα)
- Εκκολπωματική νόσος του παχέος εντέρου
