Οι ενδοκρινείς αδένες είναι όργανα τα οποία παράγουν ορμόνες τις οποίες διοχετεύουν απευθείας στην κυκλοφορία του αίματος. Πολλά όργανα παράγουν ορμόνες αλλά η γενική χειρουργική ασχολείται με παθήσεις που αφορούν τα εξής όργανα:
- Θυρεοειδής αδένας
- Παραθυρεοειδείς αδένες
- Επινεφρίδια
- Πάγκρεας
Χειρουργικές παθήσεις μπορούν να προκύψουν είτε από υπερλειτουργία του οργάνου, είτε από εμφάνιση κακοήθειας. Στα κείμενα που ακολουθούν γίνεται αναφορά με λεπτομέρεια στις χειρουργικές παθήσεις των οργάνων αυτών.